Fue por éste motivo que se ideó un «Plan Maestro». Este plan intentaba manejar y regular el caudal de las lagunas para almacenar agua en ciertas épocas y así afrontar los momentos de sequía. El problema es que la laguna de Epecuén forma parte de las llamadas «lagunas encadenadas», es decir, están conectadas unas a otras por medio de canales. También es una laguna endorreica, es decir, el agua no tiene salida hacia el océano. Las precipitaciones que caigan en una cuenca endorreica permanecen allí y sólo disminuye su caudal por infiltración o evaporación. Como resultado de este proceso, se produce una elevada concentración de sales. Es decir, lo que permitió que Epecuén fuera un éxito turístico también fue la causa de su tragedia. En 1985, gran parte de la provincia de Buenos Aires sufría inundaciones y la laguna comenzó a aumentar peligrosamente su nivel. Para evitar que inundaciones afectaran el pueblo se construyó un muro de contención de tres metros y medio de alto. Sin embrago, nada fue suficiente para evitar la tragedia que ocurrió la noche del 10 de diciembre de 1985. El terraplén no soportó y Epecuén comenzó a inundarse rapidamente. Los pobladores debieron abandonar sus casas sin saber que nunca más volverían. El agua continuó subiendo y hacia 1993 ya eran 10 los metros de agua salina que cubrían el pueblo. En la siguiente imágen se puede observar hasta donde llegó el agua.